Bielefeld: Neue Methode zur besseren Analyse von Virengenomen

01.04.2022

Oft unterscheiden sich Varianten von SARS-CoV-2 nur in winzigen Details. Deshalb ist eine möglichst exakte Darstellung des Genoms wichtig, um Virenstämme miteinander vergleichen zu können. Bei herkömmlichen Methoden treten häufig Ablesefehler auf, die das Ergebnis verfälschen können. Dieses Problem wollen der Bioinformatiker Professor Dr. Alexander Schönhuth von der Universität Bielefeld und sein Team mit ihrem neuen Verfahren lösen. Die Methode Strainline ermöglicht es, Sequenzen von Virengenomen auf neue Weise zu rekonstruieren. Unter anderem werden Ablesefehler frühzeitig erkannt und korrigiert. Das neue Verfahren kann beispielsweise beim Nachweis von Viren im Abwasser zur Anwendung kommen. Insbesondere wenn dabei verschiedene Subtypen von Viren unterschieden werden sollen, ist eine hohe Genauigkeit entscheidend.

Als weitere Methode mit ähnlichem Ansatz hilft Phasebook darüber hinaus dabei, auch menschliche Chromosomensätze besser analysieren zu können. Studien zu den beiden Verfahren haben die Forschenden in der Fachzeitschrift Genome Biology veröffentlicht.

Strainline und Phasebook sind als Open-Source-Anwendungen konzipiert. Dadurch haben Forschende und Interessierte kostenlosen Zugriff auf die Softwares. Beide Methoden sind in Zusammenhang mit dem von der EU geförderten Promotionsnetzwerk Alpaca zur Pangenomik und dem ebenfalls von der EU geförderten Verbundprojekt Pangaia entstanden. Pangaia hat das Ziel, eine computergestützte Analyse großer Datensätzen zur Genomanalyse zu entwickeln. Schönhuth ist Koordinator von Alpaca und ist mit seiner Arbeitsgruppe Genominformatik an Pangaia beteiligt.

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